Promising inhibitory activity of indigo blue towards the SARS spike glycoprotein-
Human ACE2 complex was observed, which was associated with two hydrogen bonds with
GLN 947 (Chain “A”) and GLN 744 (Chain “B”) respectively.
SARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体に対するインジゴブルーの有望な阻害活性が観察され、これはそれぞれGLN 947（鎖 "A"）およびGLN 744（鎖 "B"）との2つの水素結合と関連していた。
A pi-pi stacked interaction with
PHE 741 and a pi-sigma interaction with THR 943 (Chain “A”) was also observed.
PHE 741とのπ-πスタック相互作用、THR 943（鎖 "A"）とのπ-σ相互作用も観察された。
A
prominent binding of glycyrrhizin was observed, which is associated with six hydrogen bonds,
specifically with GLN 944, TYR 738, GLN 984, THR 980 (chain “A”), THR 980 (chain “B”),
and ARG 977.
グリチルリチンの顕著な結合が観察され、これは6つの水素結合、具体的にはGLN 944、TYR 738、GLN 984、THR 980（鎖 "A"）、THR 980（鎖 "B"）およびARG 977と関連している。
It could be said that hydrogen bonds are the major interactions responsible for
the prominent binding of glycyrrhizin with the SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex.
水素結合は、グリチルリチンとSARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体との顕著な結合を引き起こす主要な相互作用であると言える。
Indirubin exhibit hydrogen bonding interaction SER 985 (chain “C”) of protein along
and also characterized by two pi-pi stacked interaction with PHE 741.
インジルビンは、タンパク質のSER 985（鎖 "C"）と水素結合相互作用を示し、PHE 741との2つのπ-πスタック相互作用も特徴的である。
The binding of
bicylogermacrene with SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex is accompanied by
the presence of three pi-alkyl interactions with LEU 983, two with PHE 952, and one with TYR
738.
ビシロゲルマクレンとSARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体との結合は、LEU 983との3つのπ-アルキル相互作用、PHE 952との2つの相互作用、およびTYR 738との1つの相互作用の存在を伴っている。
A promising binding of curcumin with the protein was accomplished, which was attributed
by four hydrogen bonds specifically with GLN 744, GLN 947, SER 985, and GLY 981.
クルクミンとタンパク質との結合は、GLN 744、GLN 947、SER 985、GLY 981との4つの水素結合によってもたらされた。
A pi-
sigma interaction was also encountered with PHE 741.
また、PHE 741ともπシグマ相互作用が見られた。
Hesperetin was investigated as a
potential inhibitor of the SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex as it involves four
hydrogen-bonding interactions with ARG 977, TYR 738, GLN 947, and GLN 984. A pi-alkyl
interaction was also observed with PHE 741 of chain “A”.
ヘスペレチンは、ARG 977、TYR 738、GLN 947、およびGLN 984と4つの水素結合相互作用を持つことから、SARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体の潜在的阻害剤として研究された。π-アルキル相互作用も鎖 "A "のPHE 741と観察された。
The binding of rhein with the protein
was encountered with three hydrogen bonds with ARG 977 (chain “B”), ARG 977 (chain “C”),
and THR 980.
レインとタンパク質との結合は、ARG 977（鎖 "B"）、ARG 977（鎖 "C"）およびTHR 980との3つの水素結合で遭遇した。
A pi-sigma interaction with THR 980 and an amide-pi stacked interaction with
ASP 976 was also observed.
THR980とのπシグマ相互作用、ASP976とのアミドπスタック相互作用も観察された。
Docking revealed the binding interaction of berberine with SARS
spike glycoprotein-Human ACE2 complex accompanied by hydrogen bonding with GLN 947
residue and also associated by pi-alkyl interaction with PHE 952 of “C” chain and PHE 741 of
“A” chain.
ドッキングの結果、ベルベリンとSARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体との結合は、GLN 947残基との水素結合を伴っており、また "C "鎖のPHE 952および "A "鎖のPHE 741とのπ-アルキル相互作用が関連していることが明らかになった。
Crysophanic acid shows binding hydrogen bonding with ARG 982 and THR 559,
followed by pi-pi T-shaped interaction with PHE 558, pi-alkyl interactions with PHE 837, VAL
958, respectively.
Crysophanic acidは、ARG 982およびTHR 559と結合水素結合を示し、続いてPHE 558とπ-πT字型相互作用、PHE 837およびVAL 958とπ-アルキル相互作用をそれぞれ示す。
The binding of β-caryophyllene was primarily characterized by pi-alkyl
interactions with LEU 983, PHE 741, PHE 952, TYR 738, and van der Waals interaction with
THR 980, GLN 984(chain “C”), GLN 984 (chain “A”), GLN 987, GLN 947, SER 985 and
GLY 98.
β-カリオフィレンの結合は、主にLEU 983、PHE 741、PHE 952、TYR 738とのπ-アルキル相互作用、およびTHR 980、GLN 984（鎖 "C"）、GLN 984（鎖 "A"）、GLN 987、GLN 947、SER 985、GLY 98とのファンデルワールス相互作用によって特徴付けられた。
Eugenol was observed to exhibit binding with protein by pi-sigma interaction with
PHE 741, carbon-hydrogen bonding interaction with 952, and pi-alkyl interactions with GLN
987.
オイゲノールは、PHE 741とのπ-シグマ相互作用、952との炭素-水素結合相互作用、GLN 987とのπ-アルキル相互作用によってタンパク質との結合を示すことが観察された。
Thus, the inhibitory activity of investigated natural products was attributed to a variety of
interactions with the target protein.
このように、調査した天然物の阻害活性は、標的タンパク質との様々な相互作用に起因していた。
Table 2. Structure of natural products under investigation and their interactions with the amino acid residues
and affinity in terms of kcal/mol.
表2. 調査中の天然物の構造とアミノ酸残基との相互作用、および親和性（kcal/mol）。
Since ACE2 is recognized as a promising target against COVID-19, we have screened several natural compounds that may exhibit anti-COVID-19 activity by targeting SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex. ACE2 は COVID-19 に対する有望な標的として認識されていることから、SARS スパイク糖タンパク質-ヒト ACE2 複合体を標的として抗 COVID-19 活性を示す可能性のある天然化合物をスクリーニングした。
After examination of the investigated natural compounds by molecular docking, we have encountered several molecules that exhibited potential in-silico inhibitory activity towards SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex, including indigo blue, glycyrrhizin, β-sitosterol, indirubin, bicylogermacrene, curcumin, hesperetin, rhein, berberine with an affinity of -11.2, -10.9. -10.1, -9.8, -9.5, -9.3, -9.2, -9.1 and -9.0 kcal/mol respectively.
分子ドッキングにより検討した結果、インジゴブルー、グリチルリチン、β-シトステロール、インジルビン、ビシロゲルマクレン、クルクミン、ヘスペレチン、レイン、ベルベリン、-11.2、-10.9. -10.1、-9.8、-9.5、-9.3、-9.2、-9.1および-9.0 kcal/molであった。
Thus, the molecular docking study evidenced the inhibition of the SARS spike glycoprotein-Human ACE2 complex by the investigated natural candidates, which provides a foundation to invite the researchers to explore their in vivo anti-COVID 19 activity.
このように、分子ドッキング研究は、調査した天然候補物質がSARSスパイク糖タンパク質-ヒトACE2複合体を阻害することを証明し、研究者にin vivo抗COVID 19活性を探索するための基盤を提供した。
